Anabaptizam 16. stoljeća dodiruje hrvatske krajeve rubno i ne ostavlja značajnijega traga.

1872./73. prva baptistička okupljanja u Zagrebu. Vodi ih Heinrich Meyer (1842.-1919.)

1883. započinju baptistička bogoslužja u Daruvaru. Vodi ih Johann Lotz (1855.-1921.)

1891. osnovana prva baptistička crkva, u Zagrebu. Ivan Zrinšćak i dr.

1893. prvi zakonski propis koji regulira baptističku vjeroispovijest u Hrvatskoj.

1905. zakonsko priznanje mađarskih baptista, koje uključje i neka hrvatska područja.

1921. prva baptistička konferencija u Hrvatskoj.

1922. osnivanje baptističkoga Saveza, u okviru tadašnje Kraljevine SHS.

1922. - 1939. Djelovanje Vinka Vaceka, prvog predsjednika Saveza. Utemeljena crkvena organizacija u Hrvatskoj. Zakonsko priznanje baptističke vjeroispovijesti, uključena je u usvojene vjeroispovijesti tadašnje Jugoslavije. Porast članstva, izgradnja bogomolja, izdavanje vjerskog tiska, otvaranje teološke škole.

1945.-1991. Djelovanje u okviru komunističkog režima. Utemeljenje crkava u gradskim središtima (Sisak, Rijeka, Karlovac i dr.), osnivanje teoloških institucija, razvoj međuprotestantske i počeci ekumenske suradnje, denominacijska prepoznatljivost.

1991. osnivanje Saveza baptističkih crkava u Republici Hrvatskoj. Prvi predsjednik dr. Branko Lovrec, primanje u svjetske i europske baptističke saveze, te u Konferenciju europskih crkava.

2003. potpisan Ugovor s Vladom Republike Hrvatske o pitanjima od zajedničkog interesa.